1964  wurde nach langen Diskussionen eine Volksschule im Stadtteil Kitzingen-Siedlung gebaut.

1969 wurden durch die Schulreform die Bekenntnisschulen abgeschafft und die bisherige Volksschule in eine Grund- und Hauptschule aufgeteilt.

Ab dem Schuljahr 1970/71 werden auch die Schüler aus Sickershausen an unserer Schule unterrichtet.
Seit der Schulsprengeländerung von 1978 kommen auch die Schüler aus Hohenfeld hier zu uns.

Ab dem Schuljahr 1985/86 werden die Schüler der 9. Jahrgangsstufe hier unterrichtet. Vorher mussten sie an die  D.Paul-Eber-Volksschule fahren.

Schuljahr 1999/2000: Die Gebäude der Grund- und Hauptschule wurden renoviert. Die Grundschule wurde vollständig umgebaut und erneuert.
Die Hauptschule erhielt neue Fachräume, die den aktuellen Anforderungen der Lehrpläne entsprechen.

Schuljahr 2000/01: Das Gebäude der Hauptschule muss aus bautechnischen Gründen von außen renoviert werden. Im Rahmen dieser Arbeiten wird ein Vollwärmeschutz aufgebracht und die Sonnenschutzrollos erneuert.

Schuljahr 2004/05: Die Schüler aus Etwashausen kommen an die Hauptschule Kitzingen-Siedlung.

Schuljahr 2007/08: Beginn mit Ganztagesklassen (5. Jg.) Einbau einer Mensa. Beginn der Baumaßnahmen zur Verbesserung des Brandschutzes.

Schuljahr 2010/2011: Die Hauptschule Kitzingen-Siedlung wird zur Mittelschule Kitzingen-Siedlung (offiziell: Volksschule Kitzingen-Siedlung - Mittelschule) und bildet gemeinsam mit der D.Paul-Eber-Schule in der Stadt Kitzingen und der Mittelschule Buchbrunn den Schulverbund Mittelschule Kitzingen-Buchbrunn

Schuljahr 2012/13: Umbauten zum Brandschutz und energetischen Sanierung

Schuljahr 2016/17: Neubau einer Mensa (mit Hort) für den Ganztag an Grund- und Mittelschule, Anbau von Räumen für den Ganztag

Schuljahr 2018/19: Ende der Bauarbeiten an Unterrichtsgebäuden, Mensa und Hort. Die Turnhalle ist kurz vor der Fertigstellung.

Schuljahr 2021/22: Ende der Bauarbeiten der Turnhalle, Fertigstellung Pausenhof Mittelschule

Schuljahr 2022/23: Vom Bayerisches Staatsministerium zur "Schule mit dem Profil Inklusion" ernannt